Pharyngotrema

Les pharyngotrèmes constituent le groupe frère des épineuriens au sein des deutérostomiens, dans la mesure où ils possèdent un squelette interne. Une des caractéristiques principales des pharyngotrèmes est de posséder, latéralement, des fentes pharyngées ciliées, dont le rôle est respiratoire mais également alimentaire chez certains groupes. Ces fentes pharyngées possèdent un squelette qui les soutient. L'autre caractéristique essentielle est l'existence d'un tube neural qui se retrouve enfermé dans la colonne vertébrale chez les vertébrés en position dorsale.

Ce clade n'est pas soutenue par la phylogénie moléculaire qui soutient le regroupement des hémichordés avec les échinodermes au sein des ambulacraria. Le clade des Ambulacraria est également soutenu par certains caractères morphologiques comme la structure trimérique du coelome chez ces organismes. Cette nouvelle hypothèse aurait pour conséquence que l'ancêtre des Deuterostomia aurait posséder une symétrie bilatérie et des fentes branchiales.